สืบเนื่องจากพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ทำให้โรงพยาบาลบำราศนราดูรถูกปรับเปลี่ยนโครงสร้างส่วนราชการตามพระราชบัญญัตินี้ มาเป็น "สถาบันบำราศนราดูร" สังกัดกรมควบคุมโรคกระทรวงสาธารณสุข เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2545 โดยมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
- ศึกษา วิเคราะห์ วิจัยและพัฒนาองค์ความรู้ด้านการเฝ้าระวัง ป้องกัน ควบคุม ตรวจ วินิจฉัย รักษาและฟื้นฟูสภาพผู้ป่วยโรคเอดส์และโรคที่เป็นปัญหาสำคัญ
- กำหนดและพัฒนามาตรฐานการตรวจ วินิจฉัย รักษา และฟื้นฟูสภาพผู้ป่วยโรคเอดส์และโรคที่เป็น ปัญหาสำคัญ
- ให้ บริการเพื่อพัฒนาองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการตรวจ วินิจฉัย รักษา และฟื้นฟูสภาพผู้ป่วยโรคเอดส์และโรคที่เป็นปัญหาสำคัญในระดับตติยภูมิ
- ถ่าย ทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการตรวจ วินิจฉัย รักษา และฟื้นฟูสภาพผู้ป่วยที่เป็นปัญหาสำคัญ โดยเฉพาะทักษะการดูแลรักษาผู้ป่วยโรคเอดส์และผู้ที่ได้รับผลกระทบจากโรคเอดส์ ให้แก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศและต่างประเทศ
- ประสานและสนับสนุนการพัฒนาศักยภาพบุคลากรด้านสาธารณสุข ในสาขาที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศ และต่างประเทศ
- กักกันผู้ป่วยโรคติดต่ออันตรายตามข้อตกลงระหว่างประเทศ
- ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย
